Unityは現在バージョン4.1.2までリリースされていますが、
Unity3.x以前のライセンスをUnity4で使用するためにはアップデート料金が必要な点と、
3.x系で開発していたプロジェクトについては移行によるリスクもあるので、
まだまだ3.xを使用している人は多いと思います。

自分も3.5と4をプロジェクト毎に併用しているのですが、
3.x系の最終バージョン3.5.7で、iOS, Android向けにビルドしたアプリには
それぞれ以下の致命的な不具合があるので注意が必要です。


●iOS版での不具合
 iOS4.x系のデバイス上で、WWWクラスでfile://を使用して
 ローカルファイルを参照しようとすると、アプリが強制終了してしまう

 参考:Facebook Unityユーザー助け合い所
 http://www.wallflux.com/link/167184853341463/1360303281 


●Android版での不具合
 アプリをホームボタン等でバックグラウンドに回した後に復帰させると、
 InputクラスのfingerIdが1加算される。
 更に、バックグラウンド→復帰を繰り返すとfingerIdが加算され続けて、
 32回目以降はスクリーンのタッチが一切効かなくなってしまう
 
 参考:Unityフォーラム
 http://forum.unity3d.com/threads/167432-Problem-with-Input-GetTouch(0)-returns-touch-with-wrong-fingerId


iOSの方はOS4.xを対象に入れないか、WWWクラスでfile://を見にいかなければ問題ないですが、
Androidの方は避けようがないです。

Unity4.1.2ではどちらの不具合も修正されているので、
回避するにはUnityのバージョンを4.1.2に上げるか、3.5.6に落とすしかないのが現状。


※因みに3.x系の開発は終了しているみたいなので、3.5.7に対する修正は無いかと思われます…