ロジクール G550という、iOS7からサポートされているゲームコントローラーを入手したので、Unityアプリで対応してみました。

特別な設定はしなくても、Unity4.2.2以降でiOS向けに出力したプロジェクトをXcode5でビルドすると、対応OSの場合(iOS7以降)ゲームコントローラを使用するためのフレームワークが自動的にロードされます。

UnityからはInputクラスでキーボード等と同じように入力情報を取得出来ます。
if (Input.GetKeyUp(KeyCode.JoystickButton14)) {
    // Aボタンを押した時の処理
}

// 十字キーやアナログスティックの入力値を取得(-1f~1f)
float axisV = Input.GetAxis ("Vertical");
float axisH = Input.GetAxis ("Horizontal");

各ボタンとKeyCodeの値の紐付け一覧は以下のページ下部にまとまっています。
参考:Unity 4.2.2 brings iOS Game Controller support

ゲームコントローラーの接続状態を検知して画面上のバーチャルパッドの表示/非表示を切り替えたい場合には、上記ページサンプルに少し手を加えた、以下の様なスクリプトを貼っつけたGameObjectを配置します。
[SerializeField]
GameObject[] onlyTouchObj;

public bool connected {
    get;
    private set;
}

void Start ()
{
    StartCoroutine (CheckForControllers ());
}

IEnumerator CheckForControllers ()
{
    while (true) {
        var controllers = Input.GetJoystickNames ();
        
        if (!connected && controllers.Length > 0) {
            Debug.Log ("Connected");
            connected = true;
            Screen.sleepTimeout = SleepTimeout.NeverSleep;
            
        } else if (connected && controllers.Length == 0) {
            Debug.Log ("Disconnected");
            connected = false;
            Screen.sleepTimeout = SleepTimeout.SystemSetting;
        }
        
        foreach (GameObject obj in onlyTouchObj) {
            if (obj != null) obj.SetActive (!connected);
        }
        
        yield return new WaitForSeconds (1f);
    }
}
インスペクタ上からOnlyTouchObjに設定したGameObjectが、コントローラ接続時には非アクティブになります。

更にゲームコントローラーでプレイ中は画面をタッチしなくなると思うので、自動的にスリープしないようにしています。
game_controller_01