GIFファイルをランタイムでデコードして
連続したテクスチャを出力するスクリプトアセットを作りました。

UniGif - https://github.com/WestHillApps/UniGif
a10
アニメーション、透過、インターレース等のGIF87a、GIF89aフォーマットに対応しています。

WWWやStreamingAssetsから取ってきたGIFファイルを、  
以下のようにテクスチャリストとして取得できます。
 
int loopCount, width, height;
List<UniGif.GifTexture> gifTexList = UniGif.GetTextureList (www.bytes, out loopCount, out width, out height);
UniGif.GifTextureは1コマ分のTexture2dと次のテクスチャまでのディレイ時間を持っています。

詳しくはサンプルシーン(Assets/UniGif/Example/UniGifExample.unity)と  
サンプルコンポーネント(Assets/UniGif/Example/Script/UniGifTexture.cs)を参照。  

Unity4.3.4でPC(Mac, Win)、Android、iOSで確認していますが
多分他のバージョンやプラットフォームでも動きます。

Texture2D.SetPixelsでテクスチャを作成しているため、サイズの大きい画像だと展開にはそれなりの時間がかかります。


参考 
Unity Forum - animated gif is not working
http://forum.unity3d.com/threads/animated-gif-is-not-working.27873/

とほほのWWW入門 GIFフォーマットの詳細
http://www.tohoho-web.com/wwwgif.htm

時雨エノキオプト GIFデコーダサンプルプログラム解説 ver1.11
http://www.geocities.jp/warotarock/asen2ndgif001.html