Unity4.5からはコルーチンの停止に使うStopCoroutineメソッドで引数にIEnumratorを指定できるようになりました。
今まではStopAllCoroutinesで全部止めるか、StopCoroutineでメソッド名指定で止めるしか無かったので、便利になりました。
(※ただし後者はStartCoroutineをメソッド名指定で動かした場合に限る)
 
DoWorkCoroutineというコルーチンメソッドがあるとして、
こんな風にIEnumratorの参照を保持して利用します。
// IEnumerator保持
IEnumerator routineWork = DoWorkCoroutine ();

// コルーチン開始
StartCoroutine (routineWork);

// コルーチン停止
StopCoroutine (routineWork);
ただし、これで停止したコルーチンを同じIEnumratorを指定して再スタートさせた場合は
コルーチンの途中から再開してしまうので注意が必要です。
(※既に末尾まで終了している場合には何も起きないようにみえる)

なので、コルーチンを始めから再スタートさせたい場合には以下のようにする必要があります。
// IEnumerator保持
IEnumerator routineWork = DoWorkCoroutine ();

// コルーチン開始
StartCoroutine (routineWork);

// コルーチン停止
StopCoroutine (routineWork);

// コルーチン再スタート
// 同じIEnumeratorを指定すると途中から再開されてしまうので再取得する
routineWork = DoWorkCoroutine ();
StartCoroutine (routineWork);
逆に、IEnumratorの参照を取りなおさなければ
任意のコルーチンを途中で一時停止・途中から再開させる用途で使えます。

参照:MonoBehaviour.StopCoroutine